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柴益民1964年出生于浙江衢州，1987年从北京医科大学毕业，分配到上海第六人民医院骨科工作。1992年考入广州中山医科大学骨科，师从李佛保教授攻读硕士学位。1995年毕业后到海南省人民医院，专门从事显微手外科工作。2005年又调回上海交通大学附属第六人民医院骨科，继续从事显微外科临床与教学工作。

另据“上海市第六人民医院”微信公号介绍，柴益民针对临床复杂组织缺损治疗困难，保肢率低的现状，建立了8个系列的修复重建关键技术体系Z6.COM，并提出保肢新策略。柴益民率领保肢团队累计诊治患者20000余例，将保肢率由先前的32.43%提高到64.43%，取得了巨大的社会效益。创立的保肢技术被2013年世界重建显微外科大会评为“近年世界重建新技术”之一。柴益民2016年入选上海领军人才培养计划，研究成果获得华夏医学科技一等奖，上海市科技进步一等奖等，并在国际、国内等多个有影响力的学术组织中任重要职务。